Český stát (dříve Fond národního majetku ČR, nyní Ministerstvo financí ČR) a nadace, které získaly příspěvek z NIF, uzavřely smlouvu stanovující podmínky užití těchto finančních prostředků. Smlouvu lze měnit pouze písemně postupně číslovanými dodatky. V případě novely zákona č. 227/1997 Sb. o nadacích a nadačních fondech v platném znění, jsou změny týkající se uvedené smlouvy upraveny také dodatkem.
Nadace z I. etapy rozdělování prostředků z NIF mají ke smlouvě dodatek č. 1 a č. 2. Nadace ze II. etapy mají ke smlouvě dodatky č. 1 - 8.
Závazky nadací vůči státu vyplývající z uzavřené smlouvy jsou následující:
- Nadace nesmí příspěvek spotřebovat. Zavazuje se vložit ho celý do nadačního jmění a každoroční výnos z příspěvku rozdělovat ve formě grantu třetím osobám. Třetími osobami jsou zejména další subjekty neziskového sektoru, fyzické osoby však nejsou vyloučeny.
- Nadace se zavazuje, že své granty bude poskytovat na základě veřejně vyhlášených a otevřených výběrových řízení.
- Nadace souhlasí s veřejnou kontrolou použití příspěvku z NIF a zavazuje se informovat ve výroční zprávě samostatně o výnosech, grantových pravidlech a udělených grantech z prostředků NIF.
- Nadace přijímá zodpovědnost za bezpečné uložení příspěvku z NIF a za jeho zhodnocování. Souhlasí s tím, že může být vložen pouze do peněžních prostředků, veřejně obchodovatelných dluhopisů nebo do podílových listů otevřeného podílového fondu založeného pouze pro potřeby nadací a podle Zákona č. 248/1992 Sb. o investičních společnostech a investičních fondech.
- Nadace souhlasí s tím, že plnění uvedených závazků může kontrolovat MF ČR spolu s Radou vlády pro nestátní neziskové organizace a že při nedodržení stanovených podmínek mohou být proti nadaci uplatněny sankce včetně vrácení poskytnutého příspěvku.